المآذن 
المحراب النبوي لم يكن للمسجد عندما بني مئذنة، فكان بلال رضي الله عنه يؤذن من أعلى سطح يجاور المسجد. وكان الوليد بن عبد الملك أول من أحدث المحراب والشرفات كما أدخل المآذن وكان عددها أربع مآذن؛ عند كل زاوية من زوايا المسجد مئذنة. وقد أشرف على هذه الأعمال عمر بن عبد العزيز أيام ولايته على المدينة.
وفي عهد السلطان المملوكي الأشرف قايتباي -سلطان المماليك بمصر- أصاب حريق آخر المسجد بسبب سقوط صاعقة، هدمت المئذنة الرئيسية، وأشعلت النيران بالسقف وبقبة الحجرة النبوية، وأبواب المسجد، وخزائن الكتب. فأرسل السلطان الأمير سنقر إلى المدينة المنورة لعمارة المسجد النبوي الشريف وإعادة بنائه. فقام سنقر بإعادة بناء المئذنة والجدران وترميم الحجرة الشريفة وصنع منبرا وبنى مدرسة إلى جوار المسجد عرفت بالمدرسة المحمودية.
وفي عهد الملك فهد بن عبد العزيز مع التوسعة السعودية الرابعة للمسجد تم بناء ست مآذن جديدة بارتفاع (99) مترا، وتصبح (105) أمتار إذا أضيف إليها ارتفاع الهلال، أي بزيادة (33) مترا عن ارتفاع المآذن الأربع القديمة: العزيزية، والسنجارية، والرئسية، وباب السلام.
الصفة
وهي ظلة كانت في مؤخرة المسجد من الناحية الجنوبية عندما كانت الصلاة إلى بيت المقدس وكان لها باب ثم انتقل مكانها شمالا بعد تحويل القبلة واتخذت من الركن الشمالي الشرقي مكانها، وهي غربي الموضع الحالي الذي يعرف بدكة الأغوات جنوب القبر الشريف، والصفة كانت مأوى الغرباء من المهاجرين الذين لا مأوى لهم في المدينة وكانوا يبيتون في المسجد إلى أن يجدوا عملا في مجتمع المدينة فمن وجد عملا ترك الصفة واتخذ له مسكنا يقيم فيه وهكذا كان عدد أصحاب الصفة يقل أحيانا، ويكثر أحيانا أخرى حتى بلغ في وقت من الأوقات ستمائة صحابي وكان النبي صلى الله عليه وسلم يُجالسهم ويُشركهم في طعامه وشرابه. وكان الصحابي يستضيف الواحد والاثنين أو أكثر من أهل الصفة ليطعمهم في بيته وكانوا يأتون بالرطب يعلقونها في سقف الظلة وقد كان من أشهر أهل الصفة أبو هريرة رضي الله عنه الذي يقول: "لقد رأيت معي في الصفة ما يزيد على ثلاثمائة ثم رأيت بعد ذلك كل واحد منهم واليا أو أميرا وقد بشرهم بذلك النبي صلى الله عليه وسلم يوما حين مر عليهم". وظل أصحاب أهل الصفة يتناقصون كلما فتح الله على المسلمين حتى خرجوا جميعا إلى بيوتهم في حياة النبي صلى الله عليه وسلم وانتهت بذلك إقامة فقراء المهاجرين في المسجد.
المكتبة
يضم المسجد النبوي العديد من خزائن الكتب التي أصبحت قائمة في عهد المماليك، كما أنشأت عدة مكتبات جديدة بعضها ملحق بالأربطة والمدارس، وبعضها مستقل، إلا أن معظمها كان يدور في فلك المسجد النبوي. وقد تطور إنشاء المكتبات خلال العهد العثماني الطويل، حتى بلغ ذروته في القرن الثالث عشر الهجري / التاسع الميلادي، وفيه أسست أشهر مكتبات المدينة. وقد بلغ عدد المكتبات في أواخر العهد العثماني (88) مكتبة ما بين عامة وخاصة. أما أوسع المكتبات شهرة لما تحويه من ذخائر ومخطوطات فهي مكتبة عارف حكمت التي أسسها عارف حكمت وهو عالم تركي، تولى قضاء القدس ثم قضاء مصر ثم قضاء المدينة المنورة.
